תוכנית ״אילנות״ – נגב פועלת לפיתוח מנהיגות רפואית שתפעל לשיפור מערכת הבריאות המקומית על ידי פעילותה הרפואית, הקהילתית והחברתית. התוכנית מקדמת התפתחות אישית- מקצועית של הצוערים, יצירת קבוצה לכידה שעובדת יחד לקידום המטרה המשותפת, העמקת ההיכרות עם הנגב והחיבור לאוכלוסיות המגוונות שחיות בו. 

במסגרת התוכנית, הצוערים נפגשים לאחר שעות הלימודים באקדמיה, בתיאום עם צוות בתי הספר לרפואה. לאורך התהליך הם פוגשים אנשים מעוררי השראה מתחומי הקליניקה הרפואית, שלטון מקומי, יזמות ועוד.